L'organisation physique des fichiers décrit la façon dont les octets sont rangés sur le support magnétique. Ceci dépend du système d'exploitation et explique pourquoi une disquette créée sous Windows n'est pas lisible sous MacOS : l'organisation des fichiers est différente et, en dehors de leur contenu, les octets n'ont pas la même signification. De même un système de fichiers Unix BSD est illisible sous Unix System V. Mieux encore il arrive qu'un changement de version du système d'exploitation nécessite une modification de l'organisation physique et qu'un disque devienne illisible lorsqu'on le connecte à une machine qui utilise une version plus ancienne! Linux utilise deux modèles ext2 et ext3 et ils ne sont pas compatibles (mais le système reconnait les deux).

Il faut distinguer l'organisation physique de l'organisation logique : le processus utilisateur du fichier lvoit celui-ci comme un flot d'octets rangés à des adresses successives à partir du premier. Dans la réalité ces informations sont le plus souvent dispersées sur la surface du support et c'est le système qui établit la relation entre ces deux organisations, c'est à dire entre des séries d'adresses discontinues sur le disque et les adresses logiques employées dans le programme qui se suivent. Un fichier est donc un ensemble d'informations dont la structure physique n'est pas directement visible. Ce point sera évoqué au chapitre VI lorsque nous présenterons les principaux modèles de structuration de l'information contenue dans ce flot.

Nous nous intéresserons dans ce chapitre à la topologie physique de l'information.Nous étudierons la façon dont un système d'exploitation organise l'information sur le support magnétique.